Escudo de la República de Colombia
Sistema Nacional de Biliotecas - Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia Biblioteca Digital - Repositorio Institucional UN Sistema Nacional de Bibliotecas UN

Data-driven Representation Learning from Histopathology Image Databases to Support Digital Pathology Analysis

Cruz Roa, Angel Alfonso (2015) Data-driven Representation Learning from Histopathology Image Databases to Support Digital Pathology Analysis. Doctorado thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá.

Texto completo

[img]
Vista previa
PDF - Versión Aceptada
Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial No Derivatives.

5MB

Resumen

Cancer research is a major public health priority in the world due to its high incidence, diversity and mortality. Despite great advances in this area during recent decades, the high incidence and lack of specialists have proven that one of the major challenges is to achieve early diagnosis. Improved early diagnosis, especially in developing countries, plays a crucial role in timely treatment and patient survival. Recent advances in scanner technology for the digitization of pathology slides and the growth of global initiatives to build databases for cancer research have enabled the emergence of digital pathology as a new approach to support pathology workflows. This has led to the development of many computational methods for automatic histopathology image analysis, which in turn has raised new computational challenges due to the high visual variability of histopathology slides, the difficulty in assessing the effectiveness of methods (considering the lack of annotated data from different pathologists and institutions), and the need of interpretable, efficient and feasible methods for practical use. On the other hand, machine learning techniques have focused on exploiting large databases to automatically extract and induce information and knowledge, in the form of patterns and rules, that allow to connect low-level content with its high-level meaning. Several approaches have emerged as opposed to traditional schemes based on handcrafted features for data representation, which nowadays are known as representation learning. The objective of this thesis is the exploration, development and validation of precise, interpretable and efficient computational machine learning methods for automatic representation learning from histopathology image databases to support diagnosis tasks of different types of cancer. The validation of the proposed methods during the thesis development allowed to corroborate their capability in several histopathology image analysis tasks of different types of cancer. These methods achieve good results in terms of accuracy, robustness, reproducibility, interpretability and feasibility suggesting their potential practical application towards translational and personalized medicine., Resumen. La investigación en cáncer es una de las principales prioridades de salud pública en el mundo debido a su alta incidencia, diversidad y mortalidad. A pesar de los grandes avances en el área en las últimas décadas, la alta incidencia y la falta de especialistas ha llevado a que una de las principales problemáticas sea lograr su detección temprana, en especial en países en vías de desarrollo, como quiera a que de ello depende las posibilidades de un tratamiento oportuno y las oportunidades de supervivencia de los pacientes. Los recientes avances en tecnología de escáneres para digitalización de láminas de patología y el crecimiento de iniciativas mundiales para la construcción de bases de datos para la investigación en cáncer, han permitido el surgimiento de la patología digital como un nuevo enfoque para soportar los flujos de trabajo en patología. Esto ha llevado al desarrollo de una gran variedad de métodos computacionales para el análisis automático de imágenes de histopatología, lo cual ha planteado nuevos desafíos computacionales debido a la alta variabilidad visual de las láminas de histopatología; la dificultad para evaluar la efectividad de los métodos por la falta de datos de diferentes instituciones que cuenten con anotaciones por parte de los patólogos, y la necesidad de métodos interpretables, eficientes y factibles para su uso práctico. Por otro lado, el aprendizaje de máquina se ha enfocado en explotar las grandes bases de datos para extraer e inducir de manera automática información y conocimiento, en forma de patrones y reglas, que permita conectar el contenido de bajo nivel con su significado. Diferentes técnicas han surgido en contraposición a los esquemas tradicionales basados en diseño manual de la representación de los datos, en lo que se conoce como aprendizaje de la representación. El propósito de esta tesis fue la exploración, desarrollo y validación de métodos computacionales de aprendizaje de máquina precisos, interpretables y eficientes a partir de bases de datos de imágenes de histopatología para el aprendizaje automático de la representación en tareas de apoyo al diagnóstico de distintos tipos de cáncer. La validación de los distintos métodos propuestos durante el desarrollo de la tesis permitieron corroborar la capacidad de cada uno de ellos en distintivas tareas de análisis de imágenes de histopatología, en diferentes tipos de cáncer, con buenos resultados en términos de exactitud, robustez, reproducibilidad, interpretabilidad y factibilidad, lo cual sugiere su potencial aplicación práctica hacia la medicina traslacional y personalizada.

Tipo de documento:Tesis/trabajos de grado - Thesis (Doctorado)
Colaborador / Asesor:González Osorio, Fabio Augusto
Información adicional:Doctor en Ingeniería - Ingeniería de Sistemas y Computación. Research Field: Image Representation - Feature and Representation Learning - Medical Image Analysis
Palabras clave:Digital pathology, Histopathology image analysis, Representation learning, Deep Learning, Whole slide images, Patología digital, Análisis de imágenes de histopatología, Aprendizaje de la representación, Aprendizaje profundo, Láminas virtuales de patología
Temática:6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology > 61 Ciencias médicas; Medicina / Medicine & health
6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology > 62 Ingeniería y operaciones afines / Engineering
Unidad administrativa:Sede Bogotá > Facultad de Ingeniería > Departamento de Ingeniería de Sistemas e Industrial
Código ID:50510
Enviado por : Ing. Angel Alfonso Cruz Roa
Enviado el día :20 Agosto 2015 16:50
Ultima modificación:20 Agosto 2015 16:50
Ultima modificación:20 Agosto 2015 16:50
Exportar:Clic aquí
Estadísticas:Clic aquí
Compartir:

Solamente administradores del repositorio: página de control del ítem

Vicerrectoría de Investigación: Número uno en investigación
Indexado por:
Indexado por Scholar Google WorldCat DRIVER Registry of Open Access Repositories OpenDOAR Metabiblioteca BDCOL OAIster Red de repositorios latinoamericanos DSpace BASE Open archives La referencia Colombiae Open Access Theses and Dissertations Tesis latinoamericanas CLACSO
Este sitio web se ve mejor en Firefox