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Detection and quantification of potato mop-top virus (pmtv) in colombia using qrt-pcr

García Bastidas, Nevar Alirio and Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés and Marín Montoya, Mauricio Alejandro (2014) Detection and quantification of potato mop-top virus (pmtv) in colombia using qrt-pcr. Acta Agronómica; Vol. 62, núm. 2 (2013); 120- 128 2323-0118 0120-2812 .

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URL oficial: http://revistas.unal.edu.co/index.php/acta_agronom...

Resumen

Potato mop-top virus (PMTV) is a re-emerging virus in potato crops in Colombia. It is transmitted by Spongospora subterranea, the causal agent of Powdery scab. Detection of PMTV is difficult due to its irregular distribution in infected plants, low titer and systemic movement of naked RNA. To increase the number of diagnostic tools available to detect the PMTV strains present in Colombia and to support seed certification schemes, a two-step qRT-PCR test using primers PMTV-1948F/ PMTV-2017R and the Taqman® probe PMTV-1970 targeted to the CP-RT gene of RNA2 from PMTV was evaluated. A standard curve was obtained from in vitro transcripts of a 1513 pb fragment of this gene. The qRT-PCR test was evaluated using Nicotiana benthamiana and Solanum phureja bait plants inoculated with Sss cystosori, root-tissue from plants of potato showing symptoms of Powdery scab in La Unión (Antioquia, Colombia) and commercial tuber seeds. qRT-PCR was able to detect PMTV from roots in 11 out of 20 bait plants; while in the case of field samples 14 out 15 plants tested positive with concentration between 4,72x1011-7,60x1013 viral particles/μL. Finally, PMTV was detected in one out of 16 tuber seeds tested. These results demonstrate that qRT-PCR can be used routinely in the detection of PMTV strains affecting potato in Colombia., El Potato mop-top virus (PMTV) es uno de los virus re-emergentes en cultivos de papa en Colombia. Es transmitido por Spongospora subterranea, el agente causal de la sarna polvosa. La detección del PMTV presenta dificultades debido a su distribución irregular en las plantas, bajo título y movimiento sistémico como ARN desnudo. Con el fin de ampliar el rango de herramientas disponibles para detectar el PMTV en los programas de certificación de tubérculo-semilla, en este estudio se evaluó la prueba de RT-PCR en tiempo real (qRT-PCR) en dos pasos: con los cebadores PMTV-1948F/PMTV-2017R y la sonda Taqman® PMTV-1970, dirigidos al gen CP-RT del ARN2 viral. Se construyó una curva estándar a partir de la transcripción in vitro de un fragmento de 1513 pb de este gen. Posteriormente, se evaluó la utilidad de la técnica a partir de tres tipos de muestras: plantas señuelo de Nicotiana benthamiana y Solanum phureja inoculadas con quistosoros de Sss, raíces de papa con síntomas de sarna polvosa del municipio de La Unión (Antioquia) y tubérculos-semilla. Mediante qRT-PCR fue posible detectar el virus en 11 de las 20 muestras de raíz de plantas señuelo, mientras que 14 de las 15 muestras de raíces de papa resultaron positivas, estimándose una concentración entre 4.72 x 1011 y 7.60 x 1013 partículas virales/μl. Adicionalmente, en el ensayo de tubérculo-semilla se determinó la presencia del PMTV en una de las 16 muestras. Estos resultados indican la viabilidad de utilizar rutinariamente la técnica de qRT-PCR para la detección de PMTV en Colombia.

Tipo de documento:Artículo - Article
Palabras clave:Fitopatología, Virología vegetal, RT-PCR en tiempo real, Solanum phureja, Solanum tuberosum, Spongospora subterranea, Real time RT-PCR, Solanum phureja, Solanum tuberosum, Spongospora subterranea
Unidad administrativa:Revistas electrónicas UN > Acta Agronómica
Código ID:32959
Enviado por : Dirección Nacional de Bibliotecas STECNICO
Enviado el día :01 Julio 2014 04:26
Ultima modificación:18 Agosto 2014 20:05
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