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Caracterización de la variabilidad genética y patogénica de aislados de phytophthora capsici leonian en ají y pimentón de zonas productoras del Valle del Cauca

García Baquero, Eliud (2013) Caracterización de la variabilidad genética y patogénica de aislados de phytophthora capsici leonian en ají y pimentón de zonas productoras del Valle del Cauca. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia.

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Resumen

En ají y pimentón Phytophthora capsici es una de las enfermedades más limitantes a nivel mundial. En nueve municipios del Valle del Cauca (Roldanillo, Toro, Darién, La Unión, Palmira, Candelaria, Yumbo, Bolivar, y Yotoco) se obtuvieron 62 aislamientos de fincas productoras. La identificación de la especie se llevó a cabo usando los cebadores PCAP y ITS5 los cuales amplificaron un fragmento de 864bp, el corte con la enzima MspI generó cuatro fragmentos de 140, 194, 219, y 290bp, característicos de la especie Phytophthora capsici. Dos aislamientos del municipio de Darién (DR59 y DR60),no generaron el patrón de bandas característico para la especie P. capsici. Para corroborar estos resultados se emplearon los primeros A2 y I2 los cuales amplifican un fragmento de 752bp, el corte con la enzima MspI generó cuatro fragmentos de 77, 204, 221, y 250bp lo cual permitió identificar 60 aislamientos como P. capsic. Los aislamientos de Darién (DR59 y DR60) al ser cortados con la enzima MspI mostraron tres fragmentos de 221, 250 y 281bp permitiendo identificarlos como P. capsici. Los amplificados con los cebadores A2 y I2 para los aislamientos DR59, DR60, RD39, y YB41 se secuenciaron y se alinearon por el método CLUSTAL W con secuencias reportadas en las bases de datos para las especies P. capsici, P. citrophthora, P. tropicalis, y P. mexicana. La patogenicidad se evaluó por el método de decapitación, los aislamientos fueron analizados mediante el agrupamiento de medias de Wards, formando cuatro grupos de patogenicidad. Estos resultados muestran que hay variabilidad en la capacidad para causar enfermedad entre los aislamientos por lugar de origen, y también variación en la patogenicidad dentro de cada sitio de muestreo para determinar la variabilidad genética de los aislamientos se utilizó la amplificación aleatoria con cebadores microsatélites RAMs: AG, CA, CCA, GT, CGA.. El valor de heterocigosidad total fue de 0,276 lo cual sugiere que en las poblaciones evaluadas hay una diversidad genética intermedia, dato relacionado con el porcentaje de loci polimórfico, que para nuestro caso fue de 93,90%. El método de clasificación UPGMA mostró significancia entre los grupos geográficos, a un nivel aproximado de similitud de 0,70 se formaron cuatro grupos. El valor de Fst encontrado en este estudio fue de 0,2863 (D.S= 0,0254; 1000 replicaciones) lo que indica que existe una alta diferenciación genética entre las poblaciones de Phytophthora. El análisis de varianza molecular para los grupos por sitio de colecta mostrò que existe un 46% variación entre los aislamientos de cada población. Esta variación podría indicar la existencia de subpoblaciones dentro de cada grupo. El 54% restante se debe al componente de varianza genética entre grupos, la cual fue significativa (P> 0.010), indicando que existe diferenciación genética entre los grupos de Phytophthora evaluados. aqui termina el resumen en español. / Abstract. Abstract starts here Phytophthora capsici from pepper and sweet pepper is one of the most important disease of the world. In nine locations from Valle del Cauca (Roldanillo, Toro, Darien, La Union, Palmyra, Candelaria, Yumbo, Bolivar, and Yotoco) were obtained 62 isolates producing fields. The identification of the species was carried out using primers ITS5 and PCAP, which amplified a 864bp fragment, cutting with the enzyme MspI generated four fragments of 140, 194, 219 and 290bp, characteristic of the species Phytophthora capsici. Two isolates from Darién (DR59 and DR60), did not generate the characteristic banding pattern for P. capsici. To confirm these results we used the primers A2 and I2 which amplify a 752bp fragment, cutting with the enzyme MspI generated four fragments of 77, 204, 221, and 250BP which allowed identifying 60 isolates as P. capsic. Darien isolates (DR59 and DR60) when cut with MspI enzyme showed three fragments of 221, 250 and 281bp provide for identification as P. capsici. The amplified with primers A2 and I2 for isolates DR59, DR60, RD39, and YB41 were sequenced and aligned by CLUSTAL W method with sequences reported in the databases for the species P. capsici, P. citrophthora, P. tropicalis, and P. mexicana. Pathogenicity was assessed by the method of decapitation, the isolates were analyzed by grouping Wards average, forming four groups of pathogenicity. These results show that there is variability in the ability to cause disease among isolates by origin, and variation in pathogenicity within each sampling location. To determine the genetic variability of the isolates were used random amplified microsatellite (RAMs): AG, CA, CCA, GT, CGA. The results showed a Heterozygosity of 0.276 suggesting that there are populations evaluated genetic diversity intermediate data related to the percentage of polymorphic loci (93.90%). The method of classification UPGMA showed significance differents between geographical groups, of similarity of 0.70 were formed five groups. The Fst value was 0.2863 (SD = 0.0254; 1000 replications) indicating that there is a high genetic differentiation among populations of P. capsici. The analysis of molecular variance for collecting site groups showed that there is a 46% variation between isolates of each population. This variation indicated the existence of subpopulations within each group. The remaining 54% is due to genetic variance component among groups, which was significant (P> 0.010), indicating that there is genetic differentiation between groups of Phytophthora capsici evaluated.

Tipo de documento:Tesis/trabajos de grado - Thesis (Maestría)
Colaborador / Asesor:Muñoz Perea, Carlos Germán
Palabras clave:Phytophthora capsici, RAMs, Variabilidad genética Variabilidad genética, Secuenciación, Patogenicidad, RAMs, Genetic variability, Sequencing, Pathogenicity
Temática:6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology > 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
Unidad administrativa:Sede Palmira > Facultad de Ciencias Agropecuarias
Código ID:12717
Enviado por : Biblioteca Digital Sede Palmira
Enviado el día :03 Junio 2014 19:42
Ultima modificación:03 Junio 2014 19:43
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